বুবলী এবং শাকিব খান ২০ জুলাই, ২০১৮ তারিখে গাঁটছড়া বাঁধেন এবং ২০২০ সালের মার্চ মাসে তাদের ছেলে শেহজাদ খান বীরকে জন্ম দেন। যাইহোক, অবশেষে জনসাধারণের কাছে প্রকাশ করার আগে তারা তাদের সন্তানের জন্ম দুই বছর গোপন রেখেছিলেন। এর পরপরই শাকিব তাদের সম্পর্ককে অবৈধ ঘোষণা করেন এবং বুবলির সম্পত্তির মালিকানা নিয়ে প্রশ্ন তোলেন, যা একটি উত্তপ্ত বিতর্কের জন্ম দেয়।
চলমান অভিযোগ ও মতবিরোধ সত্ত্বেও সম্প্রতি শাকিবকে পুনরায় বিয়ে করার ইচ্ছা প্রকাশ করে সবাইকে চমকে দিয়েছেন বুবলী।বুবলী বলেছেন যে তিনি তার পরিবারকে সমর্থন করার জন্য অনবদ্য প্রচেষ্টা করেছেন এবং সর্বদা তার স্বামীর পছন্দগুলিকে অগ্রাধিকার দিয়েছেন। বাংলাদেশী অভিনেত্রীর মতে, তিনি তার স্বামীর ইচ্ছা অনুসারে তার কাজগুলিকে সামঞ্জস্য করার চেষ্টা করেছেন, তা কাজ করা হোক, চাকরি ছেড়ে দেওয়া হোক বা শুধুমাত্র পারিবারিক জীবনের দিকে মনোনিবেশ করা হোক।
তবে বুবলী জোর দিয়েছেন যে তার স্বামীর সিদ্ধান্ত তাকে অসম্মান করার মূল্যে আসা উচিত নয়। এই সত্ত্বেও, অভিনেত্রী বলেছেন যে তিনি তার স্বামীর উপর রায় দিতে চান না এবং পরিবর্তে, তার দৃষ্টিভঙ্গির সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ একটি পারিবারিক গতিশীল তৈরি করতে চান। তিনি যেভাবে সংসার করতে চান সেই ভাবেই তিনি রাজি।